1908年（光绪三十四年）7月6日，内江，西南科学院一院。
在建立政权之后，文德嗣就把原来属于星科集团一部分公益类、服务类等社会性机构剥离了出去，诸如学校、医院等，都被冠以“西南”或“四川”等地域性头衔，等以后统一中国后，有些机构的头衔还得换成“中国”。剥离出来的都是工业园区外的学校、医院，以便为社会大众服务，而工业园区内的还是继续留在星科编制，主要为工业区服务，当然也可以对外开放服务。
而实验室和研究所等科研单位，则是多挂一块牌子，这种机构企业也非常需要，所以不能完全剥离。而且现在的中国，除了星科之外的科研力量都薄弱到不行，剥离出去根本玩不动。文德嗣打算先搞两块牌子一个机构，等发展壮大了再分家，政府和企业各拿一半，或者继续和在一起搞产研合作。
原星科集团的生物研究所，现在就换了牌子，改名叫做“西南科学院一院”。此外还有科学二院（化学）、科学三院（应用物理）、科学四院（大气、气象、海洋和水文）、五院（自然地理、地质、测绘和环境）、六院（天文）、七院（数学）。还有一个负责核物理和量子力学的八院。“西南科学院”一共设立了八个分院，120个研究所。
应用科学方面，则是设立了“西南工程院”。原星科集团冶金和金属材料研究所也加了个“西南工程院一院”的牌子，“非金属材料研究所”成了“工程二院”，能源研究所成了“工程三院”，以及“工程四院”（电子、电器）、“工程五院”（机床）。以及六院（医学和药物学）、七院（农学）、八院（无机化工）、九院（有机化工）、十院（公路交通和车辆）、十一院（飞行器、航空）、十二院（铁路、机车、列车）……等等一共三十六个分院，666个研究所。它是规模是最大的研究机构。
另外，还新成立了“西南社会科学院”，目前有十一个分院，分别是：负责经济学、金融学和贸易学研究的“社科一院”；负责人类心理学、社会心理学和行为学研究的“社科二院”；负责法学、犯罪学和各国法律条文研究的社科三院；负责意识形态、伦理道德、舆论导向以及传播学研究的社科四院；负责政治学、行政学和管理学研究的社科五院；研究国际关系和外国政治的六院；负责语言学和文字学研究的七院；负责考古的八院；负责宗教学研究的九院；负责研究社会学、人文地理、风俗习惯研究的十院；负责教育和体育，中外武术和保健等相关研究的十一院。这十一个分院下辖研究所有108个。
当然现在研究人员还比较少，除了目前最重要的，这几百个研究所不可能个个满员，有些比较次要的也就只是块牌子，挂靠到相近的专业研究所。而且现在的研究人员大多数都是生化人，本时空土著的数量不到十分之一，毕竟现在的中国实在太缺这些研究人员了。
除了以上三个科研单位，还有一个“西南文史艺术研究院”，主要负责是文学、历史、艺术类等人文艺术方面的研究，因为这方面在文德嗣心里的优先度比较低，所以就没有设分院，只给了十一个研究所的编制，分别负责：外国文学、中国文学、外国史、中国史、文物与艺术品（含金石、篆刻）、音乐、舞蹈、美术（含绘画、雕刻）、戏剧曲艺、民间艺术（包含魔术、杂技）、电影等十一个大类。
在文总向社会公开招揽研究人员时，前三个研究院都很顺利，但是在“文史艺术研究院”的招揽中却碰了一鼻子灰。这个单位遭到了几乎所有“大师”的抵制，这倒不是他们认为这个单位不受重视，资源少，这些情况都是只有加入了才会知道。
他们抵制“文史艺术研究院”的最大原因，是因为他们觉得这个编制极其不合理。居然把一群戏子、歌妓、跑江湖卖艺等等“下等人”干的事情，和他们这些高大上的文史大师们的研究相提并论，简直是有辱斯文到了极点啊啊啊啊！！！
不但社会上的文史大师们对此异常愤慨，口诛笔伐，就连科社党的一些土著党员对此也颇有微词，当然他们不敢说那些职业“下贱”，这是违反组织纪律，政治不正确的言论。但是他们就从社会分工来说，强调文史类和艺术类的严重不一致。甚至就连那些“人民艺术家”也很自卑，根本不敢和那些大师们并列。
这次“文史艺术院事件”造成的反响非常强烈，甚至就连强制土改和大公审引起的反对都远远没有这么强烈。
这局面让文德嗣等人都傻了眼，他们私下商量之后，才发现是自己太想当然了。冒然把后世的情况照搬到了现在，就成了这种尴尬的局面。文总所在的时代，搞艺术的明星大腕们才是高大上的职业，比那些文人专家风光多了，面子里子都是文化人们不能比的。但清末这会儿可不是这样，这些艺术工作者基本上都是下九流。
但是这种事情也不好强制执行，文总只好对现实让步，按照当下的主流观念，把“西南文史艺术研究院”分拆成两个。一个是“西南文化研究院”，设置了：外国文学、中国文学、外国史、中国史、文物与艺术品、音乐、美术（含书法、绘画、金石篆刻和雕刻）等7个研究所，专门给那些自认为“高大上”的“大师”们玩。前面四项是他们的本行，就不说了。而后面的三项也算是自古以来的君子技艺，玩赏古董、琴棋书画都是风雅之事，他们自然能够接受。
另外又设置了一个“西南艺术研究院”，设置了：歌艺、舞蹈、戏剧曲艺、民间艺术（包含魔术、杂技）、电影等五个研究所，用来安置被主流视为“下九流”的“人民艺术家”们。
在文德嗣看来，对于目前的中国，这些人文艺术方面的东西不能没有，但绝对谈不上太重要，搞这方面的“大师”更是到处都是，随便找几个“大师”过来搞搞，撑撑门面就行了。所以，虽然同为“五大研究院”，但比起前三个，文化院和艺术院就显得苦逼无比，它们两个一年的经费加起来，甚至还不如工程院一个研究所一个月用的多。